Physiologie
Bien que ressemblant aux humains, avec un code génétique proche (Deviant Strain, livre, 9e Docteur), les Seigneurs du Temps ne sont pas des humains. Ils ont 26 et non 24 côtes (Blood Heat, livre, 6e Docteur). Les Seigneurs du Temps ont deux coeurs, normalement a partir de la première régénération, assorti d'un double système vasculaire (film, 8e Docteur) à 170 battements / minute. Une transe peut leur permettre d'arrêter à volonté un ou leurs deux coeurs pour feindre la mort. Leur température interne est plus basse que celle des humains, 16-17 °C, mais ne transparait pas extérieurement (Spearhead from Space, 3e Docteur), et ils ont un système respiratoire particulier constitué de tubes pulmonaires parallèles au système lymphatique, leur permettant de ne pas mourir s'ils sont étranglés, car ils peuvent se passer de respirer pendant assez longtemps (Pyramids of Mars, 4e Docteur, The Two Doctors, 6e Docteur), pouvant même améliorer cela grâce à une transe (Four to Doomsday, 5e Docteur). Leur sang est particulier, contient bien plus de substances que celui des humains, et ne peut être transfusés à ceux-ci car il ne correspond à aucun groupe (Spearhead from Space, 3e Docteur, The Invisible Enemy, 4e Docteur). C'est apparemment ce sang qui fait qu'ils n'ont pas ou très peu besoin de dormir, bien qu'ils puissent choisir de le faire. Ils peuvent vivre presque éternellement (The War Games, 2e Docteur) sauf si accident, et le Docteur lui-même en est à plus de 900 années "en termes humains" (Voyage of the Damned), et choisir de laisser leur corps vieillir ou non.
Les Seigneurs du Temps peuvent subir les effets de l'alcool, mais sortent à volonté de l'état d'ébrieté (The Quantum Archangel, livre, 6e Docteur, The Girl in the Fireplace, 10e Docteur). Pour tous les gaz, poisons, ... ils sont beaucoup plus résistants que les humains (The Brain of Morbius, 4e Docteur), bien que le Docteur soit allergiques à un gaz dans la zone Praxis du spectre (The Caves of Androzani, 5e Docteur). Ils peuvent résister à des températures bien plus hautes ou basses que les humains et pendant plus de temps (The End of the World, 9e Docteur, 42, 10e Docteur), et à des pressions extrêmes ou inexistantes (Four to Doomsday, 5e Docteur, Clockwise man, livre, 9e Docteur, 42, 10e Docteur). Ils ne sont pas vraiment en danger par les radiations (Smiths and Jones, 10e Docteur) et sont aussi beaucoup plus résistants aux effets anormaux du temps (The Daleks' Master Plan, 1e Docteur). Ils sont peut sujet à l'électricité, l'énergie et approchants (World War Three, 9e Docteur, Evolution of the Daleks, Christmas Invasion, 10e Docteur). Leur cerveau travaille bien plus vite qu'un humain, et ils peuvent lire à grande vitesse (The Runaway Bride, 10e Docteur). Un Seigneur du Temps peut se transformer en humain grâce à une Arche Caméléon (partie du Tardis) mais non sans danger, et il est alors sujet à tous les dangers qui affectent un humain mais pas un Seigneur du Temps (Human Nature, 10e Docteur, Utopia, 10e Docteur).
Un Seigneur du Temps "détecte" en quelque sorte les autres qui sont à proximité et peut le reconnaître malgré les régénération (Utopia, 10e Docteur). Il faut que les ondes cérébrales soient masquée ou absentes pour qu'un Seigneur du Temps puisse se cacher des autres (Utopia & Sound of Drums, 10e Docteur), ou diverses raisons comme un déplacement Temporel (Time Crash, 10e Docteur + 5e Docteur), une autre incarnation (The Two Doctors, 5e Docteur + 2e Docteur), ... Son empreinte biologique complète (y compris mémoire) est normalement en permanence stockée dans la Matrice (Arc of Infinity, 5e Docteur), peut-être grâce au Tardis où à l'Imprimatur Rassilon. Les Seigneurs du Temps peuvent communiquer télépatiquement sous certaines conditions (via le Tardis), et ont des pouvoirs psychiques allant du simple lien à la télékinésie, en passant par l'empathie, la projection astrale et la capacité de lire dans les esprits (The Sensorites, 1e Docteur, Castrovalva, 5e Docteur, The Kings Deamon, 5e Docteur, The Shakespeare Code, 10e Docteur).
Ils possèdent certains pouvoirs sur le Temps, soit en annulant les effets d'un ralentissement (Time Monster, 3e Docteur), soit en ralentissant le temps (The End of the Wolrd, 9e Docteur), et peuvent en sentir les effets (Rose, 9e Docteur), ce qui pourrait laisser penser qu'en fait c'est un sens additionel, une sorte de sens du Temps. Leurs sens "normaux" sont aussi plus développés que les humains, que ce soit le goût (The Christmas Invasion, Tooth and Claw, 10e Docteur), la vue (Lucifer Rising, livre, 7e Docteur), l'ouïe, le toucher ou l'odorat.